アップデートで

　私の環境では以下の問題が発生しました（一応サポートにもメールしましたが日本語で書いたので・・・(^^;）。

・iPhone3GとiPod touch 2ndで起動後、暫くするとアプリがダウンする（100%再現）
　（メモリ解放直後のタイミングに思える　←再度立ち上げるとメモリは解放されているので）
　※どちらもOSは3.1.3です

・デバイスの再起動やアプリの再インストール（削除→インストール）を行っても改善しない

・なぜか初めてのインストール（知人のiPod touch 2nd）およびアップデート（自分のiPhone3G）直後の起動時のみダウンしなかった
　（2回目以降、何をやっても必ずダウンするようになる）

・iPod touch 3nd（2009 model）では問題無く使用出来ている
　※これもOSは3.1.3です

　2台で発生しているので単純な個体問題では無いように思います。インストールしているアプリの一部は共通しているのでアプリの相性問題の可能性は有ります。

以上、ご参考まで。

※他の方が書かれている通り、起動で強制的にメモリクリーニングが行われる仕様はどうかと思います（私は開放処理を行うか否かは現状値を見て自分で判断したい派なので　効果も確認したいですし）。なぜ元々有った選択を止めてしまったのか少し理解に苦しみます。

いいんちょ about System Activity Monitor